Система менеджмента качества (СМК) внедрена в Агентстве с целью формирования целей и политики ее деятельности в сфере качества продукции/услуг, а также достижения поставленных задач. СМК Агентства построена на основе казахстанского стандарта СТ ISO 9001-2016.
В СМК ARQA как организации описаны основные бизнес-процессы, способы осуществления деятельности или процесса в виде Процедур и Документов в виде информации. Внутреннее управление качеством в ARQA осуществляется на основе документов: в Руководстве по качеству изложена политика в области качества и описана система качества; Политика в области качества определяет основные направления и цели Агентства в области качества, разработаны цели в области качества, документированные процедуры, Положения о подразделениях, должностные инструкции.
Сотрудники агентства регулярно повышают квалификацию посредством участия в конференциях и семинарах, организуемых международными ассоциациями и сетями в области обеспечения качества (ENQA, CEENQA, INQAAHE, IREG и др.), Министерством науки и высшего образования Республики Казахстан, а также другими партнёрами в сфере обеспечения качества.