Сапа менеджменті жүйесі (СМЖ) Агенттікте оның өнім/қызмет сапасы саласындағы қызметінің мақсаттары мен саясатын қалыптастыру, сондай-ақ қойылған міндеттерге қол жеткізу мақсатында енгізілді. Агенттіктің СМЖ СТ ISO 9001-2016 қазақстандық стандарты негізінде құрылған.
ARQA СМЖ ұйымның негізгі бизнес-процестерін, қызметін немесе үрдістерін сипаттайтын Рәсімдер мен құжаттар түрінде жүзеге асырылады. ARQA - да сапаны ішкі басқару келесі құжаттар негізінде жүзеге асырылады: Сапа бойынша нұсқаулықта сапа саласындағы саясат баяндалған және сапа жүйесі сипатталған; Сапа саласындағы саясат Агенттіктің сапа саласындағы негізгі бағыттары мен мақсаттарын айқындайды, Сапа саласындағы мақсаттар, Құжатталған рәсімдер, Құрылымдар туралы ережелер, Лауазымдық нұсқаулықтар әзірленген.
